La Facultad de Ciencias fue creada por medio de los Acuerdos 47 de 1964 y 61 de 1965 del Consejo Superior con la llamada Reforma Patiño. Por medio de esta Reforma se agruparon en una instancia administrativa las entonces existentes Facultades de Química, Farmacia, Matemáticas, Geología y el Departamento de Física adscrito a la Facultad de Ingeniería, los cuales se convirtieron en Departamentos; igualmente pasaron a ser parte de la Facultad el Observatorio Astronómico Nacional, y el Instituto de Ciencias Naturales con su Museo de Historia Natural. Se creó con esta reforma el Departamento de Biología. Cada una de estas unidades académicas tiene su propia historia que en algunos casos se remonta a la Expedición Botánica como es el caso del Observatorio Astronómico. En 1946 durante la rectoría de Gerardo Molina se creó una Facultad de Ciencias, fue un primer intento por consolidar el estudio y desarrollo de la ciencia en Colombia en una instancia académico-administrativa, pero el intento fracasó y la facultad desapareció en 1956.